สำนักบริหารงานการมัธยมศึกษาตอนปลาย จัดตั้งขึ้นตามประกาศสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เรื่อง แบ่งส่วนราชการสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (เป็นการภายใน) ประกาศ ณ วันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 โดยมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
- ส่งเสริมสนับสนุนเครือข่ายการพัฒนาประสิทธิภาพการมัธยมศึกษาตอนปลาย เพื่อยกระดับคุณภาพผลการศึกษาและส่งเสริมความเป็นเลิศเฉพาะทางของผู้เรียนผู้มีความสามารถพิเศษทั้งด้านวิชาการและสุนทรียศาสตร์ รวมทั้งกำกับดูแลสนับสนุนช่วยเหลือนักเรียนกลุ่มด้อยโอกาสและความสามารถให้มีมาตรฐานการศึกษาได้ตามเกณฑ์ขั้นต่ำ
- วิเคราะห์นโยบายสู่การปฏิบัติเพื่อพิจารณาเสนอแผนพัฒนาการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย พัฒนาระบบข้อมูลสารสนเทศและวิเคราะห์งบประมาณสนับสนุนส่งเสริมการจัดการศึกษาระดับมัธยมศึกษาในสัดส่วนที่เหมาะสมกับการศึกษาในระดับอื่น เพื่อประสานงานและบริหารงบประมาณจัดสรรร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
- ส่งเสริมการพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา ให้สอดคล้องกับการจัดการเรียนการสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย
- ประสานงานความร่วมมือกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ในการส่งเสริมสนับสนุนการจัดการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย และการกระจายอำนาจในการบริหารจัดการ
- ปฏิบัติงานอื่นที่ได้รับมอบหมายหรือร่วมปฏิบัติงานกับหน่วยงานอื่น